После распада СССР независимое таджикское государство возглавил выходец из местной номенклатуры Ленинабада (Худжанда) Рахмон Набиев, однако мощная исламская оппозиция, зародившаяся на волне преобразований в СССР и на фоне давних противоречий между регионами и вдохновлённая падением режима Наджибуллы в Афганистане, предприняла попытку свержения Набиева. 11 мая1992Набиев был вынужден ввести представителей исламской оппозиции в правительство.
В июне 1992года противники исламистов под руководством Сангака Сафароваподняли мятеж в Кулябе. Противостояние вылилось в межэтнический конфликт и гражданскую войну (1992—1997) между Народным фронтом — сторонниками светского государства (кланы Худжандаи Хатлона) и Объединённой таджикской оппозицией — коалицией исламистов (выходцев из районов Гарма) и «демократов» (Горного Бадахшана).
27 сентября1992 силы Народного фронта заняли Курган-Тюбепри поддержке Узбекистанаи России, поскольку возможная исламизация Таджикистана грозила нарушением геополитического баланса и активизацией исламистов внутри самих этих стран.
24 октября1992 года — первая попытка штурма Душанбе. Народный фронт возглавил сподвижник Сафарова Эмомали Рахмонов. В декабре 1992 года его отряды без боя заняли столицу. Во главе нового правительства стал Эмомали Рахмонов. Исламисты были вытеснены на восток страны и в соседний Афганистан.
На фоне усиления власти талибов в Афганистане 27 июня1997года было заключено перемирие между правительством Рахмонова и Объединённой таджикской оппозицией. Исламисты влились в государственные структуры, включая парламент и армию.
1999 — попытка прохода отряда узбекской вооружённой оппозиции под предводительством Намангани с территории Таджикистана (Гарм) в Узбекистанчерез территорию Киргизии, а потом через Северный Таджикистан и Наугарзан.
